Der Invalidenfriedhof entstand 1748 als Teil der von König Friedrich II. befohlenen Einrichtung eines Invalidenhauses.
Nach den Befreiungskriegen von 1813-1815 wurde er Begräbnisplatz für namhafte und verdienstvolle Offiziere des preußisch-deutschen Heeres. Seit der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts galt es als Ehre, auf dem Friedhof beigesetzt zu werden. Im späten 19. Jahrhundert wurden hier u. a. bedeutende Zivilpersonen und auch die Schwestern des dem Invalidenfriedhof gegenüberliegenden Augusta-Hospitals bestattet.
Nach 1918 wurde das Invalidenhaus als Einrichtung des Militärs geschlossen und in die Stiftung „Invalidenhaus“ umgewandelt. Nach 1925 wurden auf dem Friedhof in einer ersten großangelegten Aktion Gräber eingeebnet, die länger als 30 Jahre bestanden und für die keine Gebühren mehr entrichtet wurden. Als Folge davon halbierte sich der Bestand nach zuverlässigen Zählungen von 6.000 auf etwa 3.000 Grabstellen.
In den Jahren der nationalsozialistischen Diktatur war die Behandlung des Friedhofes unterschiedlich. Einerseits galten die preußischen Eliten als reaktionär, der Friedhof sollte überbaut werden. Andererseits gab es Planungen, die wichtigsten Grabmäler des Invalidenfriedhofes in einer riesigen, überwölbten „Soldatenhalle“ aufzustellen. Neben einigen wenigen Vertretern des Nazi-Regimes, wie dem Chef der Sicherheitspolizei und des Sicherheitsdienstes, Reinhard Heydrich, dem führenden Organisator des nationalsozialistischen Massenmordes an den Juden Europas und dem Reichsminister für Bewaffnung und Munition, Fritz Todt, gehören zu den hier Beigesetzten auch einige wenige Parteigänger und Mitläufer dieser Zeit, u.a. General Rudolf Schmundt, der an seinen am 20. Juli 1944 beim Attentat auf Hitler erlittenen Verletzungen verstarb und an diesem Ort beigesetzt wurde. Weiterhin sind auf dem Invalidenfriedhof auch Persönlichkeiten bestattet, die in dieser Zeit als Widerstandskämpfer hervorgetreten sind und dabei ihr Leben verloren, wie der letzte Kommandant des Invalidenhauses, Oberst Wilhelm Staehle. Auch an den am 29.09.1944 im Gefängnis Berlin-Plötzensee hingerichteten Oberstleutnant Fritz von der Lancken wird auf dem Invalidenfriedhof erinnert.
Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges wurde der Invalidenfriedhof als zweitältester Militärfriedhof Berlins durch alliierten Kontrollratsbeschluss unverständlicher Weise als militärisches Objekt beschlagnahmt. Der zunächst weitergeführte Friedhofsbetrieb blieb davon jedoch unberührt. Die alliierte Kontrollbehörde verlangte in einem Befehl vom 17. Mai 1946 die Entfernung von militärischen und nationalsozialistischen Denkmälern auch auf den Begräbnisplätzen.
Im Mai 1951 wurde der Invalidenfriedhof auf Beschluss des Magistrats von Groß-Berlin geschlossen und der Ablauf der Ruhefrist aller vor 1925 belegten Grabstellen verkündet. „Erste Rekonstruktionsmaßnahmen“, bei denen kriegszerstörte Grabmale, zwei beschädigte Mausoleen sowie nicht mehr gepflegte bzw. abgelaufene Grabstellen abgeräumt und eingeebnet wurden, begannen im Juni 1951. Die Besuchszeiten wurden auf jeweils vier Stunden an vier Wochentagen eingeschränkt.
Der Beginn des Baus der Mauer am 13. August 1961 leitete eine weitere Etappe der Zerstörung des Invalidenfriedhofs ein: Bereiche des Friedhofes wurden „Grenzgebiet“. Wachtürme, Scheinwerfer, Schießanlagen, eine Laufanlage für Wachhunde entstanden, und es wurde eine Betonstraße über die Gräber gelegt. Die Abteilung „Abräumung“ beim Stadtbezirksamt Berlin-Mitte verzeichnete den Abbau von 94 Tonnen Grabdenkmalen sowie 26,5 Tonnen Grabsteine, deren Liegezeiten noch nicht abgelaufen waren. Drei Tonnen Grabgitter wurden abgeschweißt bzw. abgeschlagen. Im Juni 1973 kam es zu einem Rechtsträgerwechsel zugunsten des Regierungskrankenhauses, ein Garagenkomplex mit einem Parkhaus entstand.
Die sogenannte vierte Mauergeneration leitete in den Jahren 1972-1975 weitere Zerstörungen ein. 1975 wurden Grabstellen geschleift, darunter war auch das Grabmal des Maurermeisters Rabitz, das die Form eines attischen Tempels hatte. Grabstellen mit Dauerruherecht oder noch laufender Ruhefrist wurden anonym verlagert. Der vollständigen Zerstörung entging der Invalidenfriedhof letztlich wohl nur deshalb, weil auf ihm Persönlichkeiten wie von Scharnhorst und Friesen ruhten, die die DDR ideologisch für sich zu vereinnahmen suchte.
Die neuere Entwicklung
Trotz schwerer Verwüstungen während der DDR-Zeit bot der Invalidenfriedhof nach der Maueröffnung im Jahre 1990 nicht zuletzt dank der Erhaltungsbemühungen des Institutes für Denkmalpflege der DDR mit seinen etwa 200 erhaltenen Grabmalen noch immer ein nahezu geschlossenes Bild der Berliner Sepulkralkultur der letzten mehr als 200 Jahre. Neben frühen klassizistischen Zeugnissen fanden sich Beispiele des Jugendstils wie auch der Neuen Sachlichkeit. In Erkenntnis dieser Tatsache wurde der Invalidenfriedhof noch im Jahre 1990 unter Denkmalschutz gestellt.
Im November 1992 gründete ein Kreis aktiver ehrenamtlicher Denkmalpfleger den „Förderverein Invalidenfriedhof e.V.“, der die Arbeiten der städtischen Behörden unterstützend begleitet.
Von besonderer Bedeutung war das 1990 vom Landesdenkmalamt Berlin errichtete provisorische Schutzdach über dem Grabmal von Scharnhorst. Leitmotiv der weiteren konservatorischen Bemühungen war die Wiederherstellung der unverzichtbaren und prägenden Elemente des Invalidenfriedhofes. So wurde Ende 1991 im Auftrag der Gartendenkmalpflege die Lindenallee entlang des Hauptwegekreuzes neu bepflanzt. 1992 wurde die besonders markante Grabanlage des ersten Kommandanten der Invalidenhaussiedlung, Gustav Friedrich von Kessel, restauriert, die an zentraler Stelle in der Mitte des Hauptwegekreuzes liegt.
Erwähnenswert ist weiter die Restaurierung zahlreicher wichtiger Grabmale wie z. B. der von Boyen, von Scharnhorst und von Winterfeldt. 1997 und 2001 bewilligte die Stiftung Deutsche Klassenlotterie Berlin erhebliche Mittel für den Invalidenfriedhof. Als Folge dessen konnte zusätzlich die Restaurierung weiterer künstlerisch wertvoller Grabanlagen in Angriff genommen werden. Dazu gehört auch die Aufstellung von bei Pflegearbeiten aufgefundener, vorher vergrabener Grabdenkmale.
Herausragend waren die Fertigstellung des Lapidariums auf dem Wirtschaftshof des Invalidenfriedhofs und die komplette Restaurierung der historischen Friedhofsmauer zum Spandauer Schifffahrtskanal, die mit Mitteln des „Beauftragten der Bundesregierung für Angelegenheiten der Kultur und der Medien (BKM) zur Substanzerhaltung und Restaurierung von unbeweglichen Kulturdenkmälern von nationaler Bedeutung“ finanziert wurden und der auch in den Folgejahren zahlreiche Projekte auf den Friedhof finanziell begleitet hat. Das Lapidarium dient der Aufbewahrung und Sicherung besonders wertvoller Originale.
Zur 250-Jahrfeier des Invalidenfriedhofes im November 1998 wurden die zuletzt erwähnten Maßnahmen abgeschlossen. Institutioneller Träger war seit 1991 die Gartendenkmalpflege der Senatsverwaltung Stadtentwicklung und Umweltschutz (Abt. III) bzw. das Landesdenkmalamt Berlin. Seit Anfang 1995 untersteht der Invalidenfriedhof dem Naturschutz- und Grünflächenamt des Bezirksamtes Mitte von Berlin (nach der Stadtbezirksreform Straßen- und Grünflächenamt), das sich seither als Eigentümer des Friedhofes engagiert um dessen Pflege kümmert und ebenfalls an den Restaurierungsmaßnahmen beteiligt ist. Besondere Erwähnung verdient in diesem Zusammenhang das große Engagement des „Fördervereins Invalidenfriedhof e. V.“, zahlreicher Familienverbände sowie Einzelpersonen, ohne die die teilweise Wiederherstellung dieses Friedhofes nach der Wiedervereinigung Deutschlands undenkbar gewesen wäre.
Die neue Entwicklung
Zustand des Invalidenfriedhofs nach dem Fall der Mauer